对于事实的扭曲、程序的违法、法律适用的不当和法院“判决”的不公，刘玉晶的家属决定上诉。二零一一年六月三日，是一审律师声称的“上诉期的最后一天”，刘玉晶的家属和朋友冲破了重重困难拿到了刘玉晶本人的授权，并将刘玉晶亲自签名、按手印的“刑事上诉书”交给了济南市看守所。又通过EMS邮寄给了济南市市中区法院和济南市中级法院。
市中区法院五月二十四日下的所谓“一审判决书”通篇充斥着“指哪打哪”、拿公民的正常生活行为构陷成“证据”的荒唐语句。该“判决书”甚至开篇就极不尊重的说当事人是“文盲”、“农民”，歧视之情溢于言表。该“判决书”还用文革式高调批判的语句来诋毁、污蔑当事人刘玉晶的信仰，无视《宪法》对公民信仰的保护和《刑法》对诽谤他人的惩处。实际上无论其“判决书”怎样“罗列”、构陷的证据如何“冠冕堂皇”，这份“判决书”无非就是干了一件事：想方设法把刑法三百条往刘玉晶身上生搬硬套，其做法也很简单：那就是先想当然的把法轮功“认定为邪教”，再将从刘玉晶家中违法取得的物品污蔑成当事人宣传“邪教”的东西，从而以此为罪证再结合同样跟法轮功毫无关系的“两高司法解释”给刘玉晶定罪。
《刑事诉讼法》规定：不服一审判决的上诉应向上一级人民法院提出，或者通过原审人民法院提出。虽然法律界通常将“上诉书留在看守所”视为已成功上诉，但刘玉晶的家人和朋友觉得应该依法办事，把事情做得更正一些，于是他们决定将刘玉晶的上诉书送到济南市市中区法院（原审法院）和济南市中级法院（上一级法院），两个有受理义务的法院。
六月三日下午刘玉晶的家人和朋友来到济南市市中区法院，法院工作人员说“上诉要先由前台联系相关庭室”，于是家人要求联系“一审判决书”上署名的几个人：“审判长：吕青；审判员：马金勇；代理审判员：陈然；书记员：王天超”。前台工作人员又说：“不是每个人都行，只有审判长吕青可以接收你们的上诉，但是他去看守所了，现在不在。”家人又问吕青什么时候回来，工作人员说：“得四点多吧，不知道”。然后这个说话的工作人员同时拨通了另一个电话，说可以问问那个接电话的人，她是内勤，姓赵。家属跟这个姓赵的内勤工作人员说“是刘玉晶的案子，来上诉”，这个赵姓工作人员也同样回答：“吕青不在，要四点才能回来。”
虽然“审判长吕青不在”，但是就在前台工作人员表现出“积极处理”并拨通内勤工作人员电话的时候，另外一个工作人员一边对前一个工作人员使眼色，一边用胳膊肘碰触前一个工作人员的胳膊。前一名工作人员开始并未理会后者的眼色。后来另外这名工作人员看前者老不理会她的意思，就说：“是刘玉晶的案子，刘玉晶……”，前一位工作人员一看她这么“不看时机”，就跟她说：“我知道，我都了（济南人说“我了”，就是“我明白”的意思），我都了……”刘玉晶的家属和朋友一看是这样的情景，就说：“既然人不在，那我们就先走了。”
刘玉晶的家人和朋友离开济南市市中区法院，来到济南市中级法院，济南市中级法院是《刑事诉讼法》明确规定的受理“刘玉晶案”二审上诉的管辖法院。在这里，家人首先去了“立案庭”，立案庭“收材料”窗口的工作人员说“应该把材料交给原审法院”。家人坚持说：“不是原审法院或上一级法院都可以吗？”，这个工作人员才说：“你如果就愿意交到这里，那你到传达室去打电话，归哪个庭室管你就找哪里接收。”
家人于是来到传达室打电话，传达室的法院警察帮助联系了刑事庭，后来刑二庭的刘红接了电话，当问清楚是谁的案子以及“判决书”公文号以后，她说：“你这个要到市中区法院受理，你去那里送”，家人说：“我们今天是上诉期最后一天（这是根据一审律师的说法，实际上家属是五月二十九日收到的“判决书”，《刑事诉讼法》规定的“上诉期”是十天），市中区法院说‘审判长’吕青不在，我们没办法才来这里的。”，刘红说：“你就去市中区法院，署名的那四个人你交给谁都行，谁在你交给谁。”
家人放下刘红的电话后觉得很奇怪：明明是上班时间，怎么两家法院一家是管的人不在，一家是不肯收呢？家人于是又拨通了刑二庭刘红的电话，说：“我们就要求在中院上诉，《刑事诉讼法》规定的中院‘受理二审上诉’，我们只要来这里上诉，你们就应该接受”。这时，刘红说：“我们庭长出差了”，然后在听起来经过了一番电话联系后，说：“市中区法院那四个人都在，吕青他们四个人都在，你过去，把材料交给他们其中的任何一个都行”，并且刘红还一并告知了审判长吕青和书记员王天超的办公电话，让家人方便去市中区法院找到他们。在此之后，家人再拨打济南市中级法院刑二庭的电话，就再也接不通了。
至此，刘玉晶的家属明白了两个有受理义务的法院对于刘玉晶的上诉材料似乎都在想尽办法不接收，所以一时间不知道该怎么办好。后来家属和朋友想起了“诉讼材料可以通过邮局送达”，又找业内人士确认了一下，就来到邮局，将刘玉晶本人签过名、按过手印的上诉状各两份分别通过EMS邮寄给了济南市市中区法院的吕青法官和济南市中级法院的立案庭。
次日，也即二零一一年六月四日，济南市市中区法院和济南市中级法院分别签收了刘玉晶的上诉状。
以下是一审主审法官吕青和书记员王天超的办公电话：
吕青0531-89567153
王天超0531-82567132