十年多来，该监狱执行江泽民对法轮功学员“名誉上搞臭，经济上截断，肉体上消灭”的群体灭绝政策，对法轮功学员采用各种毫无人性的残酷手段進行迫害。
女二监在集训监区专门设了一个迫害法轮功学员的专管队，队长杨欢（四十岁左右），原先的队长姓马（三十岁左右），现已调至监狱所谓的教育科担任副科长，副队长郑频，孙某某，另外专管迫害法轮功学员的还有谢玲、景绒、周某某、梁某某等十多个二十多岁的女警察；另外监狱在四监区专门设了一个迫害法轮功学员的专管组，监管警察吴旭、余某某，监管领导李冬冬，现已调到监狱教育科任副科长。
对劫持到女二监的法轮功学员，首先進行强制“转化”，如不放弃信仰的法轮功学员都遭到长时间的酷刑折磨，它们采取的手段有，使用破坏中枢神经类药物、关禁闭、坐小凳子、睡死人床、电击、棍棒拳脚相加殴打、长时间不准用水、不准洗澡、不准与人接触讲话、不准写信、不准探视等等，在其毫无人性的精神和肉体折磨下，现已知有两名法轮功学员被迫害死亡；多名法轮功学员导致了精神失常、致残。以下揭露的是云南省第二女子监狱迫害法轮功学员的各种手段。
一、酷刑折磨
对于坚持不“转化”、不服从狱警无理要求、抵制狱警指使的犯人监管，坚持炼功的法轮功学员，监狱恶警就实施酷刑折磨，常见的手段有:长时间跑步、罚站（夏天在太阳下、冬天穿着单衣一站就是几小时）、拳打脚踢、打耳光、电击（电击阴部、腋下、口腔、面部等）、胶木棍毒打、用手铐长时间铐在铁栏杆上、用绳索扎双脚、用胶带纸封嘴、用高跟皮鞋的鞋跟踏手指、睡“死人床”（人仰躺在木板床上，将四肢、头固定起来不能动弹）等等。
云南个旧鸡街冶炼厂法轮功学员万秀英，被非法判刑五年，在女二监遭受到非人折磨，她被恶警长期罚站、关禁闭、绑“死人床”、注射不明药物，被迫害的不能说话、走路，神志不清，奄奄一息。回家后至今仍未清醒，失去记忆，只能躺在床上，生命垂危。
一个曾经遭受酷刑的法轮功学员自述：
我拒绝写“三书”，第二次被关入禁闭室。监狱专管队队长曾某、恶警谢玲、马丽霞把我双手吊在窗子上，用电棍击，致使我昏迷了7－8小时，他们恶狠狠的叫喊：写不写“三书”？我说：“不写！”他们就加倍的电我全身，直到昏迷。这些酷刑折磨，给我身心造成了极大的伤害，致使在监狱的几年里时常头脑昏沉，记忆下降，血压升高、心慌心跳心悸。
因为我坚持每天炼功，监狱恶警把我第三次关禁闭室，進行残酷的迫害。集训监区的恶警夏昆丽（监区长）、汤玉芳、杨欢、万雪梅，他们不准我睡觉，不准坐，罚站导致我的两腿肿大得发亮；不准洗脸、洗脚造成脚丫严重霉烂，发臭流水。
监狱为了达到邪恶的目地，一监区恶警又把我关進禁闭室，他们用手铐反铐我的双手，用透明胶带把窝的两只脚绑在一起，用透明胶带把嘴封住。恶警莫瑞、汤敏、陈雷指使死缓刑犯向彦荣、胡会珍对我毒打、拳打脚踢，扯头发，打得全身青一块、紫一块，气息奄奄，血压升高、心律不齐，他们这才把我送進医院，医生杨晓平、杨瑞英拿了一些药，我拒绝吃，他们把药放到菜、饭、汤里，我就绝食。
二、使用破坏中枢神经类药物進行摧残
对坚持不“转化”的学员，恶警就使用破坏中枢神经类药物進行迫害，有的是直接强行注射；有的是叫监管的犯人偷偷在食物、水里投放。致使法轮功学员中枢神经受到严重损害，变得精神萎靡不振、意识淡漠、反映迟钝、记忆力下降、郁抑、呆痴木讷，甚至有的神志不清，导致全身衰竭死亡。
云南个旧鸡街冶炼厂法轮功学员万秀英，被非法判刑五年，在女二监遭受到非人折磨，她被恶警长期罚站、关禁闭、绑“死人床”、注射不明药物，被迫害的不能说话、走路，神志不清，奄奄一息。回家后至今仍未清醒，失去记忆，只能躺在床上，生命垂危。
昆明市法轮功学员王莲芝，七十二岁，二零零八年四月十五日被公安非法绑架，二零零八年十月中旬被送到女二监。十一月二十七日，监狱电话告知其儿子，王莲芝得了精神病，可以保外就医。其儿子说：“十几天前母亲还好好的。”警方告知由市精神病院所鉴定，并说：“你母亲不吃高血压的药就拌在饭里。”儿子怒责：“另外还拌有什么药？”警方不敢回答，当家人将体质非常虚弱、几乎成了植物人的王莲芝接回家中，不久王莲芝就含冤离世。
三、无人性的“禁闭”
监狱里关禁闭，是对刑事犯人出现脱逃、打架斗殴等有严重违规行为时才采用的一种惩罚手段。监狱成为迫害法轮功学员的黑窝后，禁闭室基本上就用来迫害法轮功学员了。在女二监无论老小，凡是不“转化”的法轮功学员一入监就被关“禁闭”。狭小的禁闭室只放置一张木板床，还有叫“橡皮房”的禁闭室，即四周墙上都贴着海绵、橡皮，设有监视器。俗话说：监狱是人间地狱，而禁闭室又是地狱中的地狱。一般犯人关禁闭可以在室内自由活动，而法轮功学员则每天从早上6：30至晚上11，：00被强迫坐在光床板上不准动，不准讲话，双手必须放在膝盖上，若有移动，轻则辱骂，重则拳脚相加，或者电棍击等；不准洗脸和刷牙，不准卫生用水、不准洗澡、不准换洗衣服，每天只允许上四次厕所，更不人道的是在月经期也不准用卫生纸，有连续四个月不让换洗血迹、污渍内裤的，全身腥臭得抬起碗来都吃不下饭；每天只给一点食物，不能吃饱，每人每天一瓶水，冬天只能穿两件单衣、单裤，不准穿袜子，只准穿拖鞋，夏天不准穿内衣，只能穿一件外衣。除有电视监控外，还有两个刑事犯人二十四小时看守，再加上犯人牢头的看守和禁闭室警察的巡视。
按监狱规定，一般犯人关禁闭七至十五天。但恶警迫害法轮功学员关禁闭最少都是四个月，或逼迫写了“三书”后才放出，有的法轮功学员不写“三书”被关押一年多或直到出狱，最长的达三年多时间。
由于长期被关在黑暗、潮湿的小屋里，精神压力大，生活环境恶劣又不让搞个人卫生，不得运动，致使被关的法轮功学员发生臀部褥疮、溃烂，会阴部糜烂，有的出现肾水肿，造成血压升高、心脏受累、双下肢浮肿，关节酸痛，四肢瘫软无力等症状。
云南工艺美术学校教师缪青，四十多岁，二零零二年九月被非法绑架后判刑五年，关押在女二监期间多次被关進禁闭室一直到出狱那天，受尽了折磨，身心受到极大伤害。
四、“严管”（坐小凳子，精神和肉体的折磨）
自二零零五年以后，邪恶“610”组织监狱到臭名昭著的辽宁省马三家劳教所学习如何迫害法轮功学员的“经验”后，女二监使用了这一灭绝人性的邪恶方法：凡是被关禁闭后还不放弃信仰的法轮功学员，她们就强行叫你每天坐在一个约三十公分的小木方凳上，从早上6：30起床就开始坐到晚上11：00，这种杀人不见血的精神和肉体的折磨，更是一种变相的酷刑，别说是七¬、八十岁的老人，就是一个健康人都很难以承受。而且晚上睡觉不准挂蚊帐，一间十七、八个人的监舍，就是不让这个法轮功学员挂蚊帐，叫蚊虫叮咬让你睡不好觉，被叮后，皮肤又痒又疼，甚至溃烂。不放弃信仰就一直这样坐下去，有的法轮功学员一直坐到出狱，臀部坐烂了、裤子也坐烂了，有的血压升高、四肢浮肿，有的甚至全身浮肿，身心备受摧残。
云南林业培训中心职工楊明清，五十七岁，二零零五年一月十日被昆明盘龙610和国保大队从单位非法绑架后判刑三年，送女二监的当天就被直接关進禁闭室近四个月后，又在监房被“严管”坐小凳子直到出狱，被迫害的血压增高达200/120mmHG，双下肢一直浮肿、臀部溃烂流血、耳朵听力明显下降、全身体质衰弱。
五、强迫做苦役
监狱所有监区都强迫法轮功学员每天长时间干奴工十四个小时，每天早上7：30分到晚上22，：30分，冬季要到晚上23：00，其间两餐饭时间1小时，如果是不放弃信仰的法轮功学员还规定在做奴工时不准离开凳子，不得起来活动。由于长时间超负荷劳动，久坐，生活伙食又差，许多法轮功学员、特别是年岁大的人出现各种疾病，如高血压、心脏病及“疲劳综合症”等。
六、强制洗脑
不“转化”的法轮功学员被关進集训监区强制洗脑，从早到晚，强迫看诽谤法轮功的录相，听诽谤法轮功的录音，近距离放大音量逼你看、逼你听，连看守法轮功学员的刑事犯都受不了远远的站在一边。在这期间若不按照要求做，狱警就亲自或者指使“包夹”打人，还不准向外讲。
七、限制基本人权
凡是坚持对真善忍的信仰，不“转化”的法轮功学员，监狱规定不准与周围人员讲话，不准随意走动，不准炼功，不准看电视，不准参加任何娱乐活动，除监狱所强迫洗脑看的诽谤法轮功的书外，不准看其它书、报，不准与家人通信，不准亲人探视等等。专门安排两名“包夾”二十四小时進行监控，并流水账样详细记录被监控法轮功学员整天的一言一行，若有违反所谓规定，就要受到严厉处罚。有许多法轮功学员仅仅因为与别人接触或者炼功，就遭酷刑折磨。
监狱违背基本人权，对不“转化”的法轮功学员采取不让写家信、不准亲人探视的非人性做法，致使有的法轮功学员家中老人因牵挂、思念狱中亲人郁抑、悲伤过度而去世；同时监狱还配合地方邪党“610”对其家属進行威逼恐吓，使法轮功学员家中亲人无人照顾、或受经济压力（凡坚持修炼的法轮功学员均被开除工职或者截扣退休金）和精神刺激，导致身心每况愈下、贫病交加，甚至不等亲人出狱就离世而去。