然而，随著基因的发现和深入研究，学者们意识到，如果基因不发生根本的变化，不管后代表面与祖先有什么差异，也没有进化意义。然而基因又是极其稳定的，只有不正常的“基因突变”才能使之发生改变，这种不正常的“基因突变”是一种病态现象。且发生的机率非常低，大约在万分之一到十亿分之一之间。所以从理论和实际上，基因突变产生高级性状的机率几乎是零。并且概率计算表明，生物进化的可能性小到了绝对不可能的程度。所以进化论是一个完全错误的假说。

物种的基因的稳定性极难逾越，概率计算否定了进化论的核心——基因突变机制。这里，我们就集中分析这个核心。

1）物种的基因的稳定性极难逾越

基因的稳定性是物种保持自身稳定所必须的，同一物种不同个体的基因交流，并不能使此物种变成其它物种。动植物育种专家都知道，一个物种的变化范围是有限的。最终，培育出的品种不是不育，就是又变成原来的亲本。哈佛大学的梅尔教授称之为基因体内平衡。最常见的就是狗再怎么杂交育种还是狗。这说明进化论有一个无法跨越的障碍。在理论上，人们把突破这个障碍的可能性寄望于基因突变，这是唯一的可能了。

2）理论和实际上，基因突变产生高级性状的机率几乎是零

基因突变，是一种在基因复制或修复损伤等过程中发生的随机错误，所以又叫随机突变，本身就是一种病态现象。它发生的机率非常低，大约在万分之一到十亿分之一之间。低等原核生物的突变率较高，大约为千分之一，而高等类型的生物中，许多基因的突变率是十万分之一到一亿分之一。

基因突变能否产生高级特征（性状）呢？对基因的深入研究发现：这种情况发生的机率极低。我们知道一个基因的核心是由几百到几千个碱基排列而成，四种不同的碱基按照一定规则排列，不同的排列顺序形成了非常复杂精密的遗传密码。既然基因突变是随机的差错，我们就可以用一个简单的例子来分析——
我们来考虑一下这个问题：一个复杂精密的计算机程序，随意的改动一两个字符能够产生更高级的程序吗？当然不能。基因突变也是这样。差错造成的突变一般是单个碱基的变化，这种变化造成的结果往往是各种缺陷、畸形、致死，在自然条件下具有生存优势的没有发现一例。为了增加突变率用于研究，科学家们使用了各种方法增加突变的机率，制造了大量的突变体，也没发现向高等方向进化的类型。

3）概率计算表明，生物进化的可能性小到了绝对不可能的程度

现代进化论用基因随机突变假说解释进化的根本原因。我们知道这种突变具有随机性、低频率和不定向等，值得注意的是：在数学公式和模型普遍应用于生物学领域的今天，进化论者并没有提出一个全面的公式，计算从基因突变开始到一次进化实现的机率，因为任何一个合理的公式都会否定进化。

许多学者从基因突变发生的机率出发，计算出了产生新物种的概率，发现小得惊人。贝希（Behe, M.J.）的《达尔文的黑匣子》（Darwin's Black Box）一书中，美国生物化学家贝希以血液凝固的一系列生物化学机制为例，讲述如此复杂精密的生命现象不可能是进化出来的。其中一个蛋白（TPA）产生的机率是十分之一的十八次方，经过计算至少需要一百亿年才能发生。如果同时进化出和它相互作用的蛋白，机率就是十分之一的三十六次方……他说：“很可惜，宇宙没有时间等待。”

这里提出一个宽松的公式，根据突变机率计算进化产生新物种的概率：P=(M C R E S) n

通俗地说，就是一个物种的某个体发生了突变（机率M=0.001），并且突变后的基因与自身其它基因在不同层次的产物上可以相容（宽松估计C=0.01），而且在生存竞争中该个体能够存活，有繁殖的机会（R=0.1），而且突变恰好有纵向进化的意义（这种情况至今没有发现，某些进化论者估计为E=0.001），而且突变基因在种群中得以扩大（宽松的估计为S=0.1）；因为新物种的形成需要一系列新基因的出现，假设要十个（幂指数n=10，实际物种间绝对没有这么小的基因差异）那么进化出一个新物种的概率为：

P =（0.0010.010.10.0010.1）10=10-100

按照一年繁殖十代，种群个体数为一千，相应的进化所需要的时间极为宽松的计算也需要“十的九十六次方”年。目前科学认为宇宙年龄不会超过二百亿（二乘十的十次方）年，进化一个新物种的时间，是宇宙的年龄的自乘约十次，足见进化是绝不可能的。

生物最相近的物种也不可能只差十个基因，高等生物和低等生物基因差别上万，生物从低等到高等进化所需要的时间更是无法想象的。

4）生命自然产生的机率，如同用飓风能完成装配飞机一样，都是不可能的成立的假设

对于生命的产生，现代进化论认为也是一个自然过程，认为简单的有机物和无机物在某种特殊条件下进化成复杂的生命大分子，各种复杂的大分子进一步组合演化形成原始生命。读到这么多串连的“理想化”过程，读者恐怕会考虑其中的机率问题了，Fred Hoyley 曾说过：“上述事情发生的可能性，正如一个废料厂装满了各种飞机零件，一阵飓风席卷过来，一个七四七喷射机就装配成功了。”

其实跳出进化论对人们的诱导思维，重新审视进化论，会发现进化论的明显谬误。进化论认为，介于两个现存物种间的生物是中间过渡类型，并说明中间过渡类型之所以不存在，是因为被自然选择淘汰掉了。实质上不应该是这个概念，按照进化论“生物都是由低等到高等进化来的”这个总原则，除人外，一切现存生物都应该是中间过渡类型，水生植物、水生动物、两栖类、哺乳类等都是“由最低等生物进化到人”这个过程的中间过渡类型，并且都是由新种（刚产生时）变为旧种的过程。那么按照达尔文《物种起源》中讲的“如果我们看每一种生物都是从另一种不知名的生物传下来的话，那么它的父母及其他过渡期的中间型应该被这新的、更完美的新种消灭了。制造新种的过程就同时消灭了旧种”理论，介于人和大猩猩（属于类人猿）之间的过渡生物“猿人”，是大猩猩传下来的，是产生的“新种”，应该比大猩猩更具有竞争力，即生存下来的条件，也才能进一步进化成人。大猩猩则成为了“旧种”，被消灭的对象。那么现实为什么与之恰恰相反呢？“旧种”大猩猩生存下来了，“新种”猿人却“消灭的无影无踪”！其实我们通过观察也好，考古也好，科学分析也好，事实都证明这种类似于猿的人“猿人”根本就没有存在过。

那么我们以前为什么被迷惑了呢？是因为达尔文在分析物种进化时，把每一个现存物种都当作一个个进化的小终点，进行割裂分析造成的。我们每个人也都被引入了这种思维。其实按他的理论整体看，生物进化是一个动态进化的整体，每个生物既是它下一级的新种，又是它上一级的旧种。那么按照这个概念，生物界应该是没有明显物种界限分别的，生物间极其相似的一个连贯的状态。而现实中，物种间分界的差异非常明显，每个物种又是长久的稳定，自古以来人就是人，鱼就是鱼，鸟就是鸟。那么达尔文的假设：“微变异积累产生大进化”，不就是明显的谬误吗？

所以 达尔文的进化论无论从宏观上分析还是从微观上基因水平分析，都是错误的假说，早就应该退出历史舞台了。